Storegårdskyrkans församling bildades 1997 genom ett samgående av Eksjö Alliansförsamling (bildad 1952) och Eksjö Baptistförsamling (bildad 1896). Församlingen är ansluten till Svenska Alliansmissionen.
Namnet på församlingen kommer av att församlingens fastighet ligger i området Storegård där även ett par av Eksjös skolor ligger. Församlingen har bedrivit sitt arbete i två närliggande fastigheter: gamla Baptistkyrkan och gamla Allianskyrkan.
Under de två till tre första åren av 2000-talet diskuterade församlingen samordning av allt arbete till en gemensam lokal. Församlingen beslutade i april 2006, med stor majoritet, att sälja fastigheten på Prästgatan 6, samt att bygga till gamla Baptistkyrkan. I slutet av augusti blev det klart med en försäljning. Eken Care tog över fastigheten 1 november. 29 augusti 2006 togs första spadtaget för till- och ombyggnad av gamla Baptistkyrkan. 300 m2 byggdes till för att rymma nytt kök och församlingsvåning. Barn-och ungdomslokalerna i gamla gårdshuset stod då redan färdigrenoverade och kunde nyttjas under byggtiden. Under byggprocessen bedrev vi ett nära samarbete med Metotistkyrkan, där store delar av vår verksamhet var förlagd.
Nya Storegårdskyrkan invigdes under stora festligheter 1 advent 2007.
I församlingen finns det idag ca 200 medlemmar och ca 100 deltagare i de olika barn- och ungdomsgrupperna.